den komplette menneskelig genom sekvensen av de to X-kromosomene og autosomene fra den kvinnelige vevsavledede cellelinjen er fullført. Dette inkluderer de 8 % av genom sekvens som manglet i det originale utkastet som ble utgitt i 2001.
den komplette menneskelig genom sekvensen av hele 3.055 milliarder basepar er avslørt av Telomere-to-Telomere (T2T) Consortium. Dette representerer den største forbedringen til menneskelig referanse genom utgitt i 2001 av Celera Genomics and the International Menneskelig Genome Sekvenseringskonsortium. At genom sekvensen dekket de fleste av de eukromatiske regionene mens enten heterokromatinregionene utelot eller feilaktig representasjon. Disse regionene utgjør 8 % av menneskelig genom som endelig har blitt avslørt. Den nye T2T-CHM13-referansen1 inkluderer fullstendig sekvens for alle 22 autosomer pluss kromosom X. Denne nye referansesekvensen har også korrigert en rekke feil, og har lagt til omtrent 200 millioner bp med nye sekvenser som inneholder 2,226 genkopier, hvorav 115 er spådd å være proteinkoder.
Det nåværende GRCh38.p13-referansegenomet har vært som et resultat av to store oppdateringer, en i 2013 og den andre i 2019 på 2001 Celera-genomsekvensen. Imidlertid hadde den fortsatt 151 millioner basepar med ukjent sekvens fordelt over hele genom, inkludert pericentromere og subtelomere regioner, duplikasjoner, gen- og ribosomale DNA (rDNA)-arrayer, som alle er nødvendige for grunnleggende cellulære prosesser. Den nye referansen har fått navnet T2T-CHM13 ettersom den kommer fra sekvensering av DNA fra CHM13 (Complete Hydatiform Mole) cellelinje og utføres av T2T-konsortiet. Cellelinjen er avledet fra unormalt befruktet egg eller en overvekst av vev fra morkaken der kvinner ser ut til å være gravide (falsk graviditet), og derfor representerer sekvensen bare av de to X-kromosomene og autosomene til hunnen. Flere sekvensteknologier har blitt tatt i bruk som PacBio, Oxford Nanopore, 100X og 70X Illumina-sequencers for å nevne noen. De teknologiske fremskrittene innen sekvensering har ført til sekvensering av de resterende 8 % som nevnt ovenfor.
Den eneste begrensningen for T2T-CHM13-sekvensen er mangelen på et Y-kromosom. Denne sekvenseringen er for tiden i gang, ved å bruke DNA fra HG002-cellelinjen, som har en 46 (23 par) med en XY-karyotype. Sekvensen vil deretter bli satt sammen ved å bruke de samme metodene utviklet for det homozygote CHM13-genomet.
Tilgjengeligheten av T2T-CHM13 som en ny referanse genom representerer et stort gjennombrudd som vil hjelpe til med å forstå rollen til heterokromatinregioner og hjelpe til med å forstå effektene på celleprosessene i større detalj. Inntil Y-kromosomsekvenseringen er fullført, vil dette tjene som referansegenomet for fremtidige studier for å forstå cellulære prosesser og funksjoner.
***
Referanser
- Nurk S, Koren S, Rhie A, Rautiainen M, Bzikadze AV, Mikheenko A et al. Den komplette sekvensen av en menneskelig genom bioRxiv 2021.05.26.445798; GJØR JEG: https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
***
